21WSzU-R szczególnie kładzie nacisk na jakość wszystkich świadczonych usług w celu spełnienia oczekiwań i potrzeb leczonych pacjentów i kuracjuszy. W tym celu 21 Wojskowy Szpital Uzdrowiskowo-Rehabilitacyjny wdrożył System Zarządzania Jakością zgodny z wymaganiami normy ISO 9001 w zakresie leczenia uzdrowiskowego (uzdrowiskowa rehabilitacja dla dorosłych w szpitalu uzdrowiskowym), rehabilitacji leczniczej, (rehabilitacja ogólnoustrojowa w warunkach stacjonarnych, rehabilitacja ogólnoustrojowa w ośrodku/oddziale dziennym) profilaktyki i promocji zdrowia.

Zgodność spełnienia wymagań z ww. normą potwierdzona została certyfikatem wydanym przez Wojskową Akademię Techniczną Centrum Certyfikacji Jakości ul. gen. Sylwestra Kaliskiego 2, 00-908 Warszawa.